Un dos xéneros vinculados á novela histórica que merece un apartado propio, pola abundancia da súa práctica na narrativa entre finais do século XX e as primeiras décadas do XXI, é o que trata temas relacionados coa Guerra Civil. Como parte dunha mesma memoria política, podemos encadrar dentro do subxénero aquelas obras que se centran no escenario previo da II República, as que se refiren á propia guerra, e tamén as que falan da vaga represiva do franquismo durante a posguerra.
Durante esta etapa, e por unha cuestión de simple lóxica temporal relacionada co envellecemento e pasamento dos seus protagonistas, a temática da Guerra Civil vai ir desligándose daquelas narracións vinculadas á memoria e á experiencia, como foran as de Ramón de Valenzuela, Silvio Santiago, Antón Alonso Ríos, Francisco Fernández del Riego ou mesmo Ricardo Carvalho Calero para converterse paulatinamente nun material de ficción, cunha relación cada vez máis tenue con feitos efectivos.
Cun punto de inflexión no relato “A lingua das bolboretas”, incluído en Que me queres, amor? (1996) de Manuel Rivas , a narrativa sobre este tema aborda unha perspectiva moi centrada no papel das vítimas, asentado no feito histórico da ausencia dunha fronte de guerra na Galiza, onde simplemente houbo represión e exterminio. Trátase dun punto de vista que o propio Rivas desenvolvería noutras obras, especialmente en Os libros arden mal (2007), tentativa, en certo sentido falida, de crear a gran novela galega sobre o tema. O punto de vista da barbarie aparece tamén en obras como Cardume (2007) de Rexina Vega ou Memoria das cidades sen luz (2007), de Inma López Silva . Nunha dimensión máis relacionada coa perspectiva feminista que esvaece as fronteiras entre o público e o privado hai que mencionar Amor de tango (1992) de María Xosé Queizán . Tamén, na súa dimensión máis pública, de cara a un colectivo localizado xeralmente no rural, podemos falar de novelas de Carlos Reigosa como Intramundi (2002) ou Segredos de Bretaña (2016).
As excepcións a esta forma de encarar a cuestión son escasas. Dun lado podemos destacar Pensa nao (1999) de Anxo Angueira , máis centrada en reflectir o mundo cooperativo e de liberdades do contexto republicano e a perda de oportunidades que significou a súa destrución. Desde outro punto de vista, estabelecendo unha ligazón entre a represión do pasado e a súa continuidade no presente, habería que mencionar Atuado na braña (2002) de Xabier Quiroga , que remite xa o tema á resistencia guerrilleira na posguerra. Novelas como A perspectiva desde a porta (2009) de Patricia Janeiro ou A raíña das velutinas (2017) de Lionel Rexes, sen dar un protagonismo frontal ao tema da guerra, si que confrontan a resistencia do pasado coa que segue sendo necesaria nos nosos tempos. Perspectivas diferentes do xénero tamén aparecen en obras como Os tres de nunca (2016) de Nacho Taibo .
Obras nas que a Guerra Civil ten tamén un certo papel inserido nunha perspectiva histórica máis longa e vinculada á biografía dos personaxes serían As rulas de Bakunin (2000) de Antón Riveiro Coello , O xardineiro dos ingleses (2018) de Marcos Calveiro , ou Fálame do silencio de Pablo L. Orosa (2018).
Ao mesmo tempo, nesta etapa comeza a existir unha certa tendencia a dar voz a aqueles que participaron do lado franquista, moitas veces presentadas como persoas sen alternativas, como en Memoria do soldado (2002) de Alfredo Conde , ou nalgún personaxe secundario de Cardume (2007) de Rexina Vega , puntos de vista que apoian unha certa desideoloxización do conflito, reducido a un absurdo como o que implicaría calquera guerra. Unha perspectiva que, ambientada xa na posguerra, continúa Francisco Fernández Naval, ao tratar o tema da participación galega na División Azul en A noite branca (2012). Máis focalizada na figura do represor e do verdugo aferrado a unha ideoloxía asasina está a perspectiva dun dos protagonistas de O lapis do carpinteiro (1998) e, moi especialmente, a figura principal de Home sen nome (2006) de Suso de Toro, cun punto de vista innovador e arriscado.
Sobre a organización desta resistencia na primeira posguerra, destaca o tratamento que lle ten dado Luís Rei Núñez , especialmente en Expediente Artieda (2000) e O encargo do señor Castelao (2016), esta última creando un episodio ficticio baseado nas figuras claves do exilio galego. O tema da resistencia, que tivo certo desenvolvemento en relatos curtos, tamén sería abordado por Manuel Gago en O exército de fume (2018).
Relacionado coa cuestión, pero nun sentido diverso, existe unha serie de obras que reproducen o clima de abafante represión social dos primeiros anos da posguerra galega. Trátase dun tema común a varios autores da xeración que comezou a escribir nesa época, como demostran obras como Deus sentado nun sillón azul (1996) de Carlos Casares ou No ventre do silencio (1999) de Xosé Luís Méndez Ferrín . Parte do ambiente vital deses autores e o seu contexto político sería tamén materia de inspiración literaria para a novela Como en Alxeria (2012) de Xosé Ramón Pena. Outras obras como Iria (2012) de Anxo Angueira abordan unha parte da historia do galeguismo e as súas primeiras respostas organizadas dende a clandestinidade ante á ditadura. Tamén unha obra como A nena do abrigo de astracán (2017) de Xabier P. Docampo, se centra no ambiente abafante dunha posguerra dominada polo medo. A cuestión da represión social e a súa relación co exilio é a base doutras obras como Era por setembro (2004) de Xabier Quiroga ou O exiliado e a primavera (2004) de Manuel Veiga , premio Xerais dese ano.
Finalmente, cabería referirse a novelas que enfocan unha visión baseada nas consecuencias e conexións históricas do ambiente da Guerra Civil. O escenario dos nazis nas minas de wolframio galegas e a II Guerra Mundial é empregado por Santiago Jaureguízar en Cabaret Voltaire (2005), e a presenza alemá en Vigo está por detrás da trama de Cabalos e lobos (2015) de Fran P. Lorenzo . Por outra parte, unha proposta como a de Xosé Ramón Pena en A batalla do paraíso triste (2008) céntrase no ambiente da II Guerra Mundial en Portugal, incluíndo referencias a Galiza e o seu papel no imaxinario do fascismo portugués. A temática da oposición á ditadura portuguesa aparece tamén nunha novela como Resistencia (2002) de Rosa Aneiros .